Fondata a Bressanone nel 1974 come sezione della polisportiva Sport Verein Milland, si è scissa dalla “società madre” nel 1995, allorché è stata ridenominata Football Club Südtirol-Alto Adige e ha adottato i colori sociali bianco-rossi; la denominazione è quindi divenuta F.C. Südtirol nel 2000, anno del trasferimento a Bolzano. La ragione sociale simboleggia l’intenzione del club di rappresentare non solo il capoluogo, ma l’intero territorio della relativa provincia.
In poco meno di trent’anni il club si è imposto quale realtà calcistica di riferimento in Alto Adige: tra le squadre della provincia vanta infatti il maggior numero di stagioni nel professionismo. Grazie alla vittoria nel girone A di Serie C 2021-2022, ha ottenuto la sua prima storica promozione in Serie B, unica società del Trentino-Alto Adige ad aver mai raggiunto un simile traguardo.
