Il Quartu S. Elena ha vissuto il suo periodo di massimo fulgore nella prima metà degli anni ottanta quando giocò in serie C2 fino alla stagione 1983 – 1984 conclusa in modo infausto per i biancoverdi con la radiazione – prima squadra in Italia – giunta alla metà del campionato per gravi inadempienze finanziarie.
Gli anni seguenti furono segnati da un’inesorabile discesa con la partecipazione, prevalente, ai campionati regionali senza mai più ritornare nelle maggiori categorie calcistiche nazionali.
Negli anni ottanta i gagliardetti del Quartu S. Elena erano realizzati in biancoverde e riportavano al centro, su scudo svizzero, le insegne cittadine costituite da due spade incrociate e da una pietra miliare di epoca romana recante l’indicazione IV.
Quest’ultimo simbolo era direttamente connesso con il toponimo della città situata al quarto miglio della strada che la collegava a Cagliari. Negli anni novanta i gagliardetti erano a forma pentagonale e sempre in verde con sfumature bianche.
La denominazione riportata era S. Elena Quartu Calcio e il simbolo raffigurato sempre quello cittadino su scudo sannitico.
Nei primi anni duemila i gagliardetti sono ancora modificati. Riportano, infatti, uno sfondo scaccato in bianco e verde con la dicitura S.C. Quartu S. Elena e lo stemma tradizionale disegnato, questa volta, su uno scudo sannitico partito in bianco e verde. Più avanti, sempre negli anni 2000, la squadra utilizza anche un altro gagliardetto in bianco con le classiche insegne comunali in verde.